Laboratoire : Phytopathologie

 

  • Bactériologie

Deux bactéries de quarantaine sont systématiquement recherchées sur chaque lot de plant : le Ralstonia solanacearum et le Clavibacter michiganensis sepedonicus.

Ces analyses sont réalisées sur les échantillons de tubercules prélevés par les inspecteurs SOC pour le test virus ou sur des échantillons complémentaires.

Les méthodes d’analyses sont des méthodes officielles qui suivent des directives européennes.

Les échantillons sont lavés, puis un cône est prélevé dans la zone vasculaire au talon de chaque tubercule. Après macération et centrifugation, les bactéries sont recherchées soit par la technique d’immunofluorescence (IF) soit par amplification génomique (PCR).

En cas de test positif, un second test de confirmation est réalisé. Si celui-ci se révèle également positif, l’échantillon est envoyé à un autre laboratoire agréé pour la confirmation. Si la positivité est confirmée, des mesures de quarantaine sont prises (destruction du lot, désinfection, mise en quarantaine de la parcelle, …) afin de circonscrire le foyer. Ces mesures sont prises par la DGAL et le SRAL local.

Le laboratoire de pathologie réalise également des détections de bactéries pectinolitiques (non de quarantaine) telle que Pectobacterium et Dickeya, responsables de la maladie de jambe noire en végétation.

Ces analyses sont réalisées à partir d’échantillons issus des plantes à symptômes au champ ou à partir de tubercules. Les techniques utilisées sont la PCR ou l’isolement bactérien sur milieu spécifique.


  • Nématologie

  • Nématodes à kystes

Depuis 2010 la réglementation européenne impose que chaque parcelle destinée à la production de semence de pomme de terre (certifiée ou non) soit analysée en vue de la recherche de nématodes du genre Globodera dans le sol, avant la plantation.

Les inspecteur SOC réalisent le prélèvement de sol selon un protocole officiel. Les échantillons de terre sont acheminés au laboratoire de pathologie d’Achicourt à partir de septembre jusque fin mars.

Après séchage, la terre est passée dans des appareils spécifiques pour en extraire les particules flottantes d’une certaine taille. Une lecture à la loupe binoculaire permet de détecter la présence des kystes de nématodes. Peuvent ainsi être détecté des Globodera (organisme de quarantaine) ou des  Heterodera (non réglementé sauf pour certaines destinations export).

En cas de détection de Globodera, l’échantillon est envoyé en confirmation dans un laboratoire agréé à cet effet. Si la présence de Globodera pallida ou Globodera rosthochiensis est confirmée, la parcelle ne peut être plantée en pomme de terre et elle est mise en quarantaine par le SRAL.

  • Nématodes à galle

La recherche de nématodes à galle (Meloidogyne) fait partie des organismes réglementés pour lesquels une surveillance est exigée en production de pomme de terre.

Des analyses sont réalisées sur quelques échantillons de tubercules, répartis sur la zone de production de plant du Comité Nord.

La méthode officielle employée est la digestion enzymatique de pelures de pomme de terre suivie d’une lecture sous loupe binoculaire pour la recherche des femelles de Meloidogyne. Deux espèces sont classés en quarantaine : meloidogyne chitwoodii et meloidogyne fallax. En cas de test positif il y a confirmation par le laboratoire de référence. La confirmation de positivité conduit aux mesures de quarantaine définie par la DGAL.


  • Biologie Moléculaire

 

La station du Comité Nord est équipée en biologie moléculaire pour  la réalisation d’analyses diverses :

  • Bactéries de quarantaine : Ralstonia et Clavibacter
  • Bactéries pectinolitiques : Pectobacterium et Dickeya
  • Nématodes à galle : Meloidogyne chitwoodi et Meloidogyne fallax su sol
  • Pospiviroïdes (dont PSTVd)
  • Virus PVY
  • Les équipements permettent de réaliser des PCR classiques et des PCR temps réel
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